Ahmad ditangkap pada tahun 1963, buat kali ketiga dalam sejarah hidup politiknya. Pada kali ini, Ahmad ditangkap oleh kerajaan yang dipilih oleh rakyat sendiri selama empat tahun. Ketika itu, beliau masih menjadi ahli parlimen Setapak. Alasan kerajaan Perikatan adalah kerana Ahmad terlibat dalam usaha Indonesia menentang gagasan Malaysia yang sedang diusahakan oleh Tunku Abdul Rahman, ketua kerajaan Perikatan dan Perdana Menteri Malaysia. Ahmad dituduh bekerjasama dengan Parti Komunis Indonesia (PKI) dan terlibat dalam pemberontakan Brunei 1962. Tuduhan ini sangat menarik kerana ia menimbulkan dua gambaran yang sangat penting. Pertama, ternyata Ahmad seorang penyokong Indonesia yang sangat setia dan tetap. Kedua, penonjolan satu penglibatan politik Ahmad yang menyeluruh Kepulauan Melayu atau Nusantara. Hal ini bermakna bahawa Ahmad mahu menjadi juara Melayu Raya.